La Direction de l'Exploitation Technique de l'Eau a pour mission de mettre en œuvre les moyens nécessaires à la production et à la distribution de l’eau dans l’agglomération de Djibouti et dans les centres urbains de régions de l’intérieur.
La Direction de l'Exploitation Technique de l'Assainissement a pour mission de mettre en œuvre les moyens nécessaires pour appliquer la politique de l’assainissement collectif et autonome des eaux usées et des eaux pluviales dans l’agglomération de Djibouti et dans les centres urbains de régions de l’intérieur.
La Direction Commerciale pierre angulaire de l'office, gère ses services aux abonnés via un travail collaboratif entre les différents départements (DEP, DETE, AC, Communication) pour l’établissement de devis, de dossiers de branchement, abonnement et dépannage. Il est de sa compétence l'organisation de la gestion commerciale ( facturation et recouvrement des factures) et la relation clientèle.